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課程名稱 |
次世代定序資料分析(二)
Next-generation sequencing data analysis (II) |
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開課學期 |
104-1 |
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授課對象 |
生物資源暨農學院 生物機電工程學系 |
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授課教師 |
陳倩瑜 |
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課號 |
BME5931 |
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課程識別碼 |
631 U1290 |
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班次 |
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學分 |
2 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期五3,4(10:20~12:10) |
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上課地點 |
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備註 |
於「電電實驗室」上課。
總人數上限：30人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1041BME5931_NGS_DNA |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
全新物種基因體定序資料分析
課程內容將涵蓋以下主題：
1. Basics with next-generation sequencing (NGS) data
2. DNA sequencing (DNA-seq) data analysis
3. Genome assembly
4. Gene prediction
5. Genome annotation
6. Genome comparison
7. ChIP sequencing (ChIP-seq) data analysis
8. Assembly quality evaluation
9. Promoter characterization
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課程目標 |
本課程擬指導修課同學如何利用現有的生物資訊工具進行次世代定序資料分析，旨於從大量的短序列組裝而得全新物種基因組草圖，過程中也指導修課同學如何利用校內的軟硬體計算資源提升研究效能。 |
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課程要求 |
1. 修課同學需自選預定進行基因體組裝與註解之物種 (可以是實驗室自行定序的資料，亦可以是從公開資料庫下載的定序資料)
2. 自修 Linux 操作 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
待補 |
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參考書目 |
待補 |
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
課堂討論 |
25% |
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2. |
專題 |
25% |
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3. |
作業 |
25% |
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4. |
期中考 |
25% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
09/18 |
課程簡介 |
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第2週 |
09/25 |
Assembly (https://www.youtube.com/playlist?list=PLQ-85lQlPqFNGdaeGpV8dPEeSm3AChb6L) |
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第3週 |
10/02 |
Alignment (https://www.youtube.com/playlist?list=PLQ-85lQlPqFNmbPEsMoxb5dM5qtRaVShn) |
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第4週 |
10/09 |
國定假日補假 |
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第5週 |
10/16 |
Read mapping (https://www.youtube.com/playlist?list=PLQ-85lQlPqFP-q0Ig_GdjWohbC9C3f8tz) |
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第6週 |
10/23 |
Genome alignment |
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第7週 |
10/30 |
Read mapping and scaffolding |
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第8週 |
11/06 |
Gene prediction |
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第10週 |
11/20 |
期中考 |
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第12週 |
12/04 |
Multiple sequence alignment |
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第13週 |
12/11 |
GO and pathways |
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第14週 |
12/18 |
期末專題 proposal I |
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第15週 |
12/25 |
期末專題 proposal II |
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第16週 |
01/01 |
國定假日 |
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第17週 |
01/08 |
期末專題 presentation I |
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第18週 |
01/15 |
期末專題 presentation II |